La ubicació d'instal·lació d'una unitat de fan coil-muntada a la paret afecta directament el seu efecte de refrigeració/escalfament i la distribució del flux d'aire. Escollir la posició correcta pot maximitzar el rendiment de la unitat i millorar el confort interior.
Per al mode de refrigeració, la ubicació ideal d'instal·lació és a la paret sobre la finestra, a uns 2-2,3 metres sobre el terra. Aquesta posició permet que l'aire fred s'enfonsi de manera natural després de ser expulsat, formant una suau circulació d'aire per tota l'habitació, evitant el bufat directe sobre les persones. Per al mode de calefacció, la unitat s'ha d'instal·lar el més baix possible a la paret (preferiblement a prop del terra) per assegurar-se que l'aire calent es lliura primer a la part inferior de l'habitació, solucionant el problema dels peus freds causat per l'ascens d'aire calent.
També cal evitar instal·lar la unitat a prop de fonts de calor com estufes o radiadors, així com en racons amb mala circulació d'aire. A més, la unitat s'ha de mantenir a una certa distància dels mobles com ara llits i sofàs per evitar l'obstrucció del flux d'aire i garantir una distribució uniforme de la temperatura interior.
